Die Stiftung „Geobotanisches Forschungsinstitut Rübel“ wird durch den Stiftungsrat geführt. Dieser setzt sich aus Mitgliedern der „Helene und Cecile Rübel Familienstiftung“, sowie aus Professoren der ETH Zürich zusammen. Letztere stellen auch den Präsidenten der Stiftung. Der Stiftungsrat wacht über die Verwendung der Stiftungsgelder im Sinne des Stiftungszweckes.

Der Stiftungsrat setzt sich wie folgt zusammen:

• Martin Ackermann (Präsident)
• Martin F. Rübel-Fuchs (Quästor)
• Dorina Huber
• Robert Huber
• Alexander Widmer
• Janneke Hille Ris Lambers
• Rolf Holderegger